El incumplimiento de los requisitos de MTD puede dar lugar a sanciones, además de las obligaciones habituales en materia de IVA. HMRC aplica un sistema de sanciones basado en puntos por la presentación fuera de plazo de declaraciones de IVA, junto con recargos por intereses aplicados por el retraso en el pago del IVA.
Podrán aplicarse sanciones distintas cuando las declaraciones de IVA contengan inexactitudes, dependiendo de si los errores se consideran que han sido fruto de descuidos, han sido deliberados o se han ocultado. Es posible que se apliquen reducciones de las sanciones cuando las empresas revelen voluntariamente la información y cooperen con la HMRC.