La facturation électronique interentreprises (B2B) est facultative en Suisse, bien qu'elle soit fortement encouragée par le gouvernement suisse pour son efficacité et son alignement avec les initiatives européennes telles que la TVA à l'ère numérique (ViDA). Les formats recommandés incluent swissDIGIN, UBL XML, CII, ZUGFeRD/Factur‑X et Peppol BIS. Si elles choisissent d'émettre des factures électroniques, les entreprises doivent garantir l'intégrité, l'authenticité et l'inaltérabilité de celles-ci au moyen de signatures électroniques, conformément à la loi suisse sur la signature électronique (ZertES). Comme pour les transactions B2G, les factures électroniques B2B doivent être conservées pendant 10 ans.